Anh được gọi vào đội tuyển Áo vào năm 2007. Anh là đội trưởng đội U-20 Áo tham dự giải U-20 thế giới vào năm 2007 và kết thúc giải ở vị trí thứ 4.

Anh có trận đấu đầu tiên cho đội tuyển Áo vào năm 2007 trong trận gặp Scotland. Prödl có tên trong danh sách đội tuyển Áo tham dự Giải vô địch bóng đá châu Âu 2008. Trong trận gặp Ba Lan, anh đã đem về một quả penalty cho Áo ở những phút cuối trận giúp Áo gỡ hoà 1-1.[1] Chung cuộc đội tuyển Áo rời giải với chỉ 1 điểm sau 3 trận.

Năm 2016, anh tiếp tục được triệu tập tham dự Euro 2016 diễn ra trên đất Pháp. Tuy nhiên, đội tuyển Áo lần thứ hai liên tiếp phải rời giải với thành tích tương tự như năm 2008.